אוגנדה מארחת את האוניברסיטה העתיקה ביותר במזרח ומרכז אפריקה, שהוא Makerere האוניברסיטה. אוניברסיטה זו הייתה המרכז של מצוינות אקדמית במשך כמה עשורים על כך שלא רק תלמידים, אלא גם אוגנדים תלמידים אחרים באזור. אוגנדה יש ​​מעל 30 האוניברסיטאות ציבוריות.